圓覺宗之法源,有教傳及心印傳承。教傳為藏密寧瑪巴(古派,俗稱紅教)傳承,由第一代普賢王如來至現今當代住持智敏.慧華金剛上師,共三十四代。心印傳承則為釋迦牟尼佛所傳之不共傳承,至當代住持智敏.慧華金剛上師,共只七代,一脈單傳,並無別支。